大部分患者在使用吉非替尼过程中会出现一些副作用，吉非替尼最常见的副作用是皮疹、腹泻和肝损伤。吉非替尼的皮疹和腹泻大都温和，很少患者受这两种不良反应困扰。皮疹涂些维生素B6软膏，注意防晒，润肤基本可以对付；腹泻吃些蒙脱石散、腹可安可以控制。吉非替尼的肝损伤则相对厉害，而且初期也不会有明显症状，因此服用吉非替尼的患者切记定期抽个血查一查肝功能，如果有异常，听医生的该护肝护肝，该减量减量。有些食物如葡萄柚（西柚）会干扰吉非替尼的代谢，加重不良反应，应避免食用。
吉非替尼还有一个少见但更加致命的不良反应，这就是间质性肺炎。间质性肺炎的症状很容易跟一般感冒发烧混淆，服用吉非替尼的患友一定要留意不明原因的持续咳嗽，发热，呼吸困难，尤其是男性、有吸烟史、已存在间质性肺炎、近期接受过放疗及化疗的肺癌患者都是间质性肺炎的高危人群。如果不幸确诊间质性肺炎需要停用吉非替尼并接受糖皮质激素治疗，至于能不能继续用EGFR靶向药需由医生评估。
吉非替尼副作用大部分都比较轻微，且是可控的，患者自行解决就好。但是如果有过敏反应的迹象，出现荨麻疹、呼吸困难、脸部、嘴唇、舌头或喉咙肿胀时，请及时就医。如果患者有以下情况，也请尽快就医：严重或持续的腹泻；突然胸痛或不适，新发或恶化咳嗽伴发热；视力模糊，眼睛流泪，眼睛疼痛或发红，眼睛对光线更敏感；肝脏问题-恶心，上胃痛，瘙痒，疲倦，食欲不振，尿色深，粘土色大便，黄疸（皮肤或眼睛发黄）；胃出血的迹象-严重的胃痛，血腥或柏油样便，咳血或呕吐，看起来像咖啡渣；严重的皮肤反应-发烧，喉咙痛，面部或舌头肿胀，眼睛灼热，皮肤疼痛，红色或紫色的皮疹（特别是在脸部或上半身），起泡和脱皮。
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